以下，就是95%的高新技术企业做加计扣除中会遇到的五个问题！
问题一：
享受优惠会扩大损失
依据国家税务局的调研，其中一部分处于损失状况的企业认为，选择享受研发费用加计扣除的优惠后，会提高企业亏损额，因而自主放弃享受该政策优惠。
典型案例分析：
上海某信息技术有限公司，是一个国际领先的IT服务与解决方案的外资企业，连续多年被认定为国家规划布局内的重点软件企业，具备大规模的自主研发实力。在企业享受研发费用加计扣除政策的调研中，企业的主要负责人指出不愿意享受此项政策优惠。据该企业的主要负责人反映，企业现阶段处于损失状况，如果享受该政策，会提高损失，在报表上“不好看”。
应对措施：
对企业的主要负责人的错误观点，税务工作人员指出，研发费用加计扣除政策提高的损失只是企业所得税报表中的“纳税调整后所得”，并不提高企业利润表中的损失。通过测算，企业加计扣除的金额高达263万余元。通过指导后，企业的顾虑消除了，最终享受到了这一政策利好。
问题二：
共用设备无法加计扣除
实际操作中，一些企业生产设备与研发设备是生产部门和研发部门共用的，依据原来的研发费用加计扣除政策，不属于“专门用于”研发活动的设备，无法享受研发费用加计扣除政策。
国家税务局在调研中发现，不少企业并不了解《财政部、国家税务总局关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》和《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》打破了这样的限制，依然“固执”地认为共用设备无法加计扣除，导致未能享受到最新的政策优惠。
典型案例分析：
某电缆公司是一个主营电线和电缆制造的企业。工厂所用设备绝大多数都为共用设备，在用于生产电缆的同时用于研发新产品的实验检测和标准检测等，频率较高、更新较快，约有70%以上的时间用于研发新产品。
依据原有的研发费用加计扣除政策，该企业的设备不属于专门用于研发的设备，所产生的费用不可以享受此项税收优惠。公告发布后，企业未能及早研究最新的政策规定，依然认为共用设备无法加计扣除。
应对措施：
税务工作人员通过现场参观企业生产车间，掌握生产研发流程后，针对此次研发费用加计扣除的新规提供了专业性的政策解读和业务指导。
国家税务局有关负责人指出，119号文件对于研发与生产经营共用部分产生的费用，不再特别强调“专门用于”四字，即企业可以依据合理的分配办法，对共用费用作出分配，并对其中研发费用的部分加计扣除。
根据辅导，企业根据研发支出辅助账汇总表核算了共用设备仪器的折旧费用，从而成功实现了共用设备费用的加计扣除。
问题三：
委托研究开发都需要支出明细
依照以前的研发费用加计扣除政策，对委托开发的项目，受托方应向委托方出具该研究开发项目的费用支出明细情况。在实际操作中，受托方以各种各样理由拒绝出具相应支出明细，委托方企业认为“太麻烦”，因而放弃享受该部分的加计扣除优惠。119号文件和97号公告正式发布后，很多企业的这一惯性思维仍然存在。
典型案例分析：
某机车研究所是以城际轨道交通动力装备技术开发、设计制造、试验检测和信息服务为主的专业研究所，目前隶属于中国中车股份有限公司。享受研发费用加计扣除政策，依据原政策规定，需要出具受托方的财务明细，甚至需要取得对方的账务凭据。可是，该企业的受托方经常以商业秘密为由不配合，该企业也不愿意对此投入过多精力，因而选择放弃享受该部分税收优惠。
应对措施：
税务人员在新政实施后，想到了企业存在的困局，及时上门与财务负责人作了沟通解释。119号文件第二条“特别事项的处理”中明确规定，企业委托外部机构或个人开展研究开发活动所产生的费用，依照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除，受托方不得再加计扣除。
委托外部研究开发费用实际发生额应依照独立交易原则确认。如果委托方与受托方不存在关联性，则受托方无须向委托方出具该研究开发项目的费用支出明细情况。
问题四：
宁愿放弃优惠也不开设账目
依照19号文件和97号公告，企业享受研发费用加计扣除优惠不再需要对研发费用“专账处理”，但需要对享受加计扣除的研发费用按研究开发项目设立辅助账，将辅助账的汇总表作为企业备案的附件报送至税务局，并在申报时填写“研究开发项目可加计扣除开发情况归集表”。可是，实践中很多企业仍然认为“设立账目很麻烦”，从而放弃享受优惠。
典型案例分析：
某橡胶公司主要从事橡胶地板的研究、开发和生产，现在已经成为橡胶地板行业的行业龙头。为提升企业的生产能力，企业决定启动新的投资计划，在原先的基础上提升5条生产流水线，投资额更是高达3000万元。研发费用加计扣除的政策为企业带来了一场“及时雨”。
政策想享受，申报却成了困局。因加计扣除政策对财务核算的要求高，申报表填写也比较复杂，这对企业财务人员的水平是一个极大的考验，财务人员一直存在很大的工作压力。从财务人员的角度看，要想享受研发费用加计扣除优惠，就需要在账务处理上耗费大量的精力。权衡之后，此公司决定放弃享受优惠。
